Những năm gần đây đã hình thành các hợp tác xã nông nghiệp kiểu mới xuất phát từ nhu cầu hợp tác tham gia cánh đồng lớn, sản xuất theo chuỗi, nâng cao năng lực cạnh tranh của sản phẩm hàng hoá. Tính đến nay, khu vực kinh tế tập thể có tổng cộng khoảng 2 vạn HTX, 15 vạn tổ hợp tác, 43 liên hiệp HTX, thu hút gần 30 triệu người lao động, tham gia sản xuất ở hầu hết các lĩnh vực kinh tế.
 
 
Phần lớn các hợp tác xã nông nghiệp tham gia cung cấp các dịch vụ đầu vào cơ bản cho hoạt động sản xuất nông nghiệp như cung cấp cây, con giống mà chưa nhiều nơi triển khai được dịch vụ hỗ trợ đầu tư cho quá trình sản xuất như thu gom, bán sản phẩm, và việc điều tra nắm bắt thông tin thị trường của hầu hết các HTX đều hạn chế.
 
 
Một trong những nguyên tắc quan trọng nhất của mô hình kinh tế tập thể còn là đề cao tính tự lực cánh sinh của người dân. Người dân vào HTX vì thấy đây là sân chơi phù hợp, họ có thể tự chủ, tự chịu trách nhiệm, tự tham gia quản lý hợp tác xã theo hướng mà họ mong muốn để hợp tác xã đem lại lợi ích cho họ, giúp họ cải thiện kinh tế, cải thiện cuộc sống của mình. Tuy nhiên vai trò của xã viên trong các HTX hiện nay còn khá mờ nhạt. Tính tự lực của các HTX nhìn chung còn yếu. Hầu hết các HTX đều có quy mô hoạt động nhỏ, số lượng xã viên chưa nhiều, vốn góp còn thấp dẫn đến khó khăn trong đầu tư vào sản xuất kinh doanh. Một số HTX còn thiếu tính chủ động, sáng tạo trong điều hành hoạt động, chất lượng sản phẩm chưa cao, khả năng cạnh tranh thấp. Chính vì vậy mà các HTX mặc dù đã chuyển đổi theo Luật HTX năm 2012 song về cơ bản vẫn không khác trước là bao, vẫn mang nặng tư tưởng trông chờ vào sự hỗ trợ của Nhà nước, chưa năng động, sáng tạo.
 
 
Phần lớn tổ hợp tác thành lập tự phát, không đăng ký chứng thực theo quy định tại Nghị định 151/2007/NĐ-CP ngày 10-10-2007 của Chính phủ, chỉ có 15.190 tổ có đăng ký chứng thực. Tổ chức của tổ hợp tác thiếu chặt chẽ, quan hệ hợp tác lỏng lẻo, không bảo đảm tính ổn định, bền vững; đa số tổ gặp khó khăn trong giao dịch kinh tế, tiếp cận các chính sách ưu đãi và hỗ trợ của Nhà nước; số tổ phát triển thành hợp tác xã còn hạn chế.
 
 
Trong khi đó, đội ngũ cán bộ quản lý HTX chủ yếu hoạt động theo kinh nghiệm, hầu hết chưa được học qua các lớp đào tạo, tập huấn về quản lý hoặc kỹ thuật. Đối với các tổ hợp tác thì đều thành lập tự phát, cơ chế quản lý lỏng lẻo, rất khó khăn về giao dịch kinh tế, vay vốn ngân hàng.
 
 
Ông Đặng Huy Đông - Thứ trưởng Bộ Kế Hoạch và Đầu tư cho biết: Khu vực HTX, Liên hiệp HTX còn tồn tại một số những hạn chế như là bộ máy quản lý nhà nước về kinh tế tập thể vừa thiếu lại vừa yếu, chưa có sự gắn kết chặt chẽ. Cán bộ quản lý nhà nước về HTX còn thiếu và yếu về chuyên môn, đa số cán bộ làm kiêm nhiệm chưa được đào tạo bồi dưỡng về chuyên môn và nghiệp vụ, chưa thực hiện đầy đủ và tốt các nội dung quản lý nhà nước về kinh tế tập thể và HTX đã được pháp luật quy định.
 
 
Việc ban hành văn bản chỉ đạo thực hiện tổ chức lại hợp tác xã theo Luật Hợp tác xã năm 2012 cũng rất khác nhau. Sau khi Luật Hợp tác xã năm 2012 có hiệu lực đến nay, các văn bản dưới Luật ban hành chậm, thiếu đồng bộ; một số nội dung chưa được hướng dẫn. Theo ông Nguyễn Đắc Thắng - Phó Chủ tịch điều hành Liên minh HTX Việt Nam, các HTX, Liên hiệp HTX đang gặp khó khăn trong việc chuyển đổi, tổ chức lại HTX theo quy định của Luật HTX 2012, nhất là về vấn đề xử lý nợ tồn đọng, xác định quyền sở hữu tài sản trong HTX, phương pháp hạch toán các dịch vụ hỗ trợ thành viên, dịch vụ ra bên ngoài cộng đồng thành viên…
 
 
Các chính sách hỗ trợ tuy nhiều nhưng lại áp dụng chung cho tất cả các mô hình hợp tác xã nên gặp khó khăn trong việc triển khai thực hiện. Một trong những khó khăn lớn nhất hiện nay của các HTX và tổ hợp tác đó là việc tiếp cận với các nguồn vốn vay ưu đãi để đầu tư mở rộng sản xuất, kinh doanh. Bà Hứa Thị Uyên, Giám đốc HTX Nông lâm nghiệp Cường Thịnh Phát (xóm Làng Bẩy, xã Tân Dương, huyện Định Hóa, Thái Nguyên) chia sẻ: Vừa mới thành lập vào đầu năm 2016 nên hoạt động của HTX vẫn còn rất nhiều khó khăn, đặc biệt là thiếu vốn để đầu tư vào sản xuất. Tuy nhiên, do không có tài sản thế chấp nên chúng tôi không thể tiếp cận được với nguồn vốn vay của các ngân hàng cũng như của Quỹ hỗ trợ phát triển HTX tỉnh. Vấn đề huy động nguồn lực đang là khó khăn chung của các HTX hiện nay. Không huy động được nguồn lực khiến các HTX thiếu đi sự năng động và tự chủ.
 
 
Công tác kiểm tra, giám sát và xử lý các vi phạm pháp luật trong phát triển kinh tế tập thể chưa được làm thường xuyên, kịp thời, thiếu chế tài xử lý các trường hợp vi phạm; chưa có sự kiểm tra, giám sát và hỗ trợ trực tiếp đối với những vấn đề phát sinh mà tổ hợp tác không giải quyết được.
 
 
Nhận thức của cấp ủy đảng, chính quyền từ T.Ư đến địa phương về kinh tế tập thể có nơi, có thời điểm còn chưa đầy đủ, chưa sâu sát. Một số cấp ủy đảng, chính quyền cấp xã can thiệp quá sâu vào hoạt động của các hợp tác xã nông nghiệp toàn xã, vi phạm nguyên tắc tự chủ, tự chịu trách nhiệm của kinh tế tập thể.
 
 
Nguyên nhân của tình trạng người dân chưa muốn tham gia vào HTX bởi tính liên kết của HTX chưa cao. Hầu hết các hộ dân vẫn phải chủ động tiêu thụ sản phẩm mình làm ra mà không có được sự hỗ trợ từ phía HTX. Ông Nguyễn Văn Thành - Phó Chủ nhiệm HTX rau an toàn Tân Đức (Phú Thọ) cho biết: HTX cũng đã tìm kiếm nguồn bao tiêu sản phẩm cho xã viên nhưng vẫn chưa thành công. Các siêu thị lớn trên địa bàn có ký hợp đồng mua sản phẩm cho bà con nhưng sau khi ký kết thì "một đi không trở lại". Chính vì HTX không mang lại được lợi ích rõ rệt cho bà con nên hầu hết người trồng rau ở Tân Đức chọn cách "đứng ngoài" HTX.
 
 
Ngoài ra, hợp tác xã, tổ hợp tác còn nhiều hạn chế về quy mô sản xuất kinh doanh, trình độ quản trị, trình độ khoa học và công nghệ, vốn và thị trường, nên rất cần có sự hỗ trợ của Nhà nước để bảo đảm phát triển bền vững.
 
 
Theo Ủy viên Bộ Chính trị - Chủ tịch Ủy ban MTTQ Việt Nam Nguyễn Thiện Nhân, các cấp ban ngành từ T.Ư đến địa phương cần tiếp tục tuyên truyền sâu rộng về vai trò, ý nghĩa quan trọng của kinh tế tập thể, nhân rộng các mô hình HTX kiểu mới hoạt động hiệu quả để nhân dân chủ động, tích cực tham gia.