Hiện ngành nông nghiệp có quy hoạch cụ thể cho nhiều mặt hàng nông sản, đến từng giai đoạn và thị trường mục tiêu. Nhưng lại bị phá vỡ quy hoạch do lợi nhuận trước mắt. Điển hình là cà phê quy hoạch diện tích chỉ có 520.000 ha nhưng thực tế lên tới 620.000 ha, còn cao su quy hoạch 800.000 ha nhưng lên hơn 1 triệu ha... Nông dân thấy lợi nhuận trước mắt sẵn sàng bỏ quy hoạch, dẫn đến cung vượt cầu.
 
Vấn đề dự báo thị trường của cơ quan quản lý còn nhiều hạn chế. Do vậy, định hướng cho người nông dân lúng túng trong định hướng sản xuất sản phẩm nông sản.
 
Dù chủ trương đẩy mạnh liên kết “4 nhà” trong sản xuất, tiêu thụ nông sản đã có từ lâu nhưng những mô hình liên kết thành công vẫn chưa nhiều. Sau hơn 12 năm triển khai, đến nay các mối liên kết này vẫn chưa thật sự đầy đủ, chưa có nhiều mô hình hoàn chỉnh để giữ cho sản xuất ổn định. Nguyên nhân lớn nhất hiện nay là việc sản xuất theo hộ gia đình, nông dân vẫn manh mún, nhỏ, lẻ nên doanh nghiệp ngại đầu tư.
 
Liên kết giữa doanh nghiệp và nông dân chưa chặt chẽ. Nhiều nông dân chưa quen với việc sản xuất theo hợp đồng, chưa quen tuân thủ quy trình, tiêu chuẩn, quy chuẩn sản xuất hàng hóa, chỉ quan tâm đến lợi ích trước mắt mà chưa thấy được lợi ích lâu dài về sản xuất, tiêu thụ ổn định. Do vậy, nhiều mặt hàng nông sản chưa được ký hợp đồng tiêu thụ, nông dân chưa nắm rõ thị trường trước khi sản xuất, quá trình sản xuất vẫn theo kiểu mạnh ai nấy làm. Có những mặt hàng đã được ký hợp đồng tiêu thụ, nhưng khi có trở ngại khách quan hoặc chủ quan thì doanh nghiệp thường để nông dân tự xoay xở. Ngược lại, có lúc do lợi ích trước mắt mà nông dân tự ý phá hợp đồng đem sản phẩm ra ngoài bán vì giá cao hơn, gây thiệt hại cho doanh nghiệp. Việc quy định và áp dụng các biện pháp chế tài khi nông dân và doanh nghiệp vi phạm thỏa thuận gặp nhiều khó khăn. Chưa kể, do tập quán làm ăn riêng lẻ, mang tính tự phát của người dân nên việc sản xuất manh mún, sản lượng cung ứng trên thị trường thiếu đồng nhất, chất lượng không cao, chưa xây dựng được vùng chuyên canh sản xuất nông sản chất lượng cao, khó cạnh tranh được với các nước trong khu vực.
 
Hiện đầu ra, giá cả nông sản gần như vẫn còn phụ thuộc hoàn toàn vào thương lái. Việc hàng nông sản bán rẻ như cho tại ruộng nhưng vào siêu thị giá lại tăng vọt là một bất cập. Điển hình như vụ khoai lang ế năm 2014 vừa rồi, giá bán khoai tại ruộng 3.000-4.000 đồng/kg so với giá bán lẻ khoai cùng loại ở siêu thị là 25.000-27.000 đồng/kg vẫn chênh lệch quá lớn. Do phải qua quá nhiều kênh trung gian, người dân vì thế thường bị ép giá ở mức thấp nhất, lợi ích thuộc về nhà buôn, thương lái.
 
Ngoài ra, mặt hàng nông sản trong nước đang bị hàng từ Trung Quốc cạnh tranh quyết liệt. Tại thủ đô Hà Nội, dù ngành công thương đã đưa ra nhiều biện pháp hỗ trợ tiêu thụ nông sản, tuy nhiên, tại chợ đầu mối Long Biên (Hà Nội), chợ nông sản lớn nhất miền Bắc, trung bình mỗi ngày nhập từ Trung Quốc 200- 300 tấn rau, củ quả với nhiều chủng loại như nho, táo, quýt, cải bắp, cà chua, cà rốt, khoai tây, hành tây…. Từ đây, các loại rau quả này lại được xé lẻ đưa đi tiêu thụ khắp trên địa bàn Hà Nội và các tỉnh lân cận. Các mặt hàng nông sản Trung Quốc được trà trộn bày bán với các mặt hàng nông sản Việt Nam. Do vậy, người tiêu dùng rất khó phân biệt nguồn gốc hàng hóa và có chứa thuốc bảo quản độc hại hay không. Đa số người dân đi mua hàng đều dựa trên những kinh nghiệm để phân biệt các loại rau, củ, quả trong nước hay Trung Quốc, đặc biệt là những loại rau, củ quả trái mùa.
 
Nguyên nhân là do hàng nông sản trong nước nói chung chỉ được cung cấp theo mùa vụ, giá bán không ổn định. Trong khi đó, chi phí vận chuyển cao. Cụ thể, chi phí vận chuyển một xe hàng 5 tấn từ biên giới Trung Quốc về đến Hà Nội chỉ khoảng 3 triệu đồng, trong khi vào Đà Lạt hay Sóc Trăng, giá vận chuyển phải đội gấp 4-5 lần. Ngoài ra, chất lượng bảo quản nông sản trong nước chưa đảm bảo, hay bị dập nát khi vận chuyển, hao hụt lớn nên sức tiêu thụ kém hơn.
 
Tại Thanh Hóa, hiện có 41,5 ha trồng rau  an toàn theo tiêu chuẩn VietGAP, tập trung chủ yếu ở huyện Hoằng Hóa và Quảng Xương. Tuy nhiên, việc tiêu thụ các sản phẩm này khá nan giải mặc dù sản xuất theo đúng quy trình, bảo đảm chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm nhưng giá trị của rau an toàn  cũng không khác với các sản phẩm rau thông thường là mấy. Việc tiêu thụ sản phẩm nông nghiệp không ổn định, giá bán thường biến động, lợi nhuận cho người sản xuất thấp, việc thâm nhập vào các kênh phân phối hiện đại còn hạn chế và việc cung ứng hàng hóa còn mang tính riêng lẻ đang làm suy yếu khả năng ổn định về giá cho người nông dân.
 
Từ thực tế cho thấy, tiêu thụ sản phẩm nông sản trên thị trường nội địa tiếp tục bộc lộ những bất cập trong việc quy hoạch phát triển vùng sản xuất, công nghệ chế biến sau thu hoạch, liên kết bao tiêu sản phẩm, phát triển hệ thống phân phối… Những bất cập này đã đến lúc cần những giải pháp cấp bách để sớm khắc phục tình trạng “được mùa mất giá”.
 
Năm 2015, hiệp định thương mại tự do sắp được ký kết, hàng rào thuế quan dần được dỡ bỏ là cơ hội để cánh cửa thị trường mở toang, hàng nông sản Việt Nam sẽ có nhiều thuận lợi để xuất khẩu. Tuy nhiên, trước đó, khâu tổ chức lưu thông hàng trong nước phải đi trước một bước.
 
Theo Thứ trưởng Bộ Công Thương Trần Tuấn Anh, để đẩy mạnh tiêu thụ nông sản, giải pháp hàng đầu là chủ động tổ chức triển khai các hoạt động kết nối cung cầu, nhằm kết nối giữa vùng sản xuất nông, lâm, thủy sản với hệ thống phân phối.
 
Việc kết nối cung cầu sẽ tạo sự liên kết chặt chẽ từ vùng nguyên liệu đến các chợ đầu mối, hệ thống phân phối bán buôn, bán lẻ thông qua hệ thống logistic, cơ sở hạ tầng hiện đại. Việc phối hợp kịp thời của các doanh nghiệp phân phối, các chợ đầu mối trực tiếp kết nối và thu mua những mặt hàng nông sản chủ lực của các địa phương sẽ đem lại hiệu quả cao trong việc tiêu thụ cũng như đặt ra các yêu cầu cho các nhà sản xuất đưa ra những sản phẩm đạt chất lượng tốt.