Nhất là hợp tác xã nông, lâm, ngư nghiệp do chưa có văn bản hướng dẫn cụ thể của Chính phủ, mô hình liên kết trong sản xuất vẫn chưa bền chặt, chưa có nhiều doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, mối quan hệ giữa doanh nghiệp và người nông dân chưa thật sự được quan tâm, sản xuất nông nghiệp vẫn còn tình trạng nhỏ lẻ, manh mún, mô hình cánh đồng mẫu lớn chưa thật sự được tập trung đánh giá để nhân rộng mô hình, việc áp dụng quy trình sản xuất theo tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật an toàn vẫn chưa được quan tâm đúng mức, việc xây dựng thương hiệu sản phẩm từ nông nghiệp mới đang được tiến hành với sản phẩm lúa gạo còn chưa có thương hiệu mạnh, sức cạnh tranh còn hạn chế, còn các sản phẩm khác tên tuổi còn mờ nhạt.

Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Cao Đức Phát cho rằng, đại biểu Nguyễn Thị Khá đoàn Trà Vinh nêu nhiều những tồn tại của nông nghiệp nước ta, khó khăn chính là những gì và giải pháp.

Theo Bộ trưởng Phát, những tồn tại đó hầu hết có tính chất cơ cấu của nền nông nghiệp. Nên muốn giải quyết được có hiệu quả cao thì phải tổ chức thực hiện tốt chủ trương mà Chính phủ đã đề ra về tái cơ cấu nền nông nghiệp. Hơn 2 năm qua Chính phủ đã chỉ đạo thực hiện rất nhiều những biện pháp đã có những tiến bộ, nhưng những tồn tại vẫn còn đó. Những khó khăn lớn nhất hiện nay là:

Thứ nhất nền nông nghiệp của nước ta dựa vào sản xuất của hộ gia đình. Chúng ta có tới gần 10 triệu hộ gia đình sản xuất với quy mô nhỏ.

Thứ hai nguồn lực của cả nhà nước và nông dân rất hạn chế. Chúng ta muốn có sản xuất hàng hóa lớn, áp dụng công nghệ cao nhưng hầu hết các hộ gia đình nông dân vốn ít, muốn vay thì không có thế chấp để vay.

Thứ ba, nguyên nhân chủ quan đó là việc thực hiện chủ trương về tái cơ cấu còn chậm, đem lại những hiệu quả trên diện rộng. Tới nay còn 16 địa phương trên thực tế có thể nói chưa triển khai mạnh chủ trương này.

Về những giải pháp: Thứ nhất cần phải có sự vào cuộc quyết liệt hơn của các ngành, các địa phương. Bên cạnh việc tuyên truyền vận động thì cần phải có chính sách hỗ trợ và khuyến khích mạnh hơn sự tham gia của bà con nông dân và cộng đồng doanh nghiệp. Trên thực tế, mọi chủ trương về nông nghiệp chỉ thành công khi hàng triệu hộ nông dân cùng với cộng đồng doanh nghiệp vào cuộc cùng với Nhà nước. Cũng cần huy động, bổ sung các nguồn lực để thực hiện những chủ trương đề ra.