Tuy nhiên, bên cạnh những thành tựu đạt được, hoạt động giám sát và phản biện xã hội của MTTQVN cũng có những hạn chế nhất định, chất lượng và hiệu quả hoạt động giám sát của Mặt trận còn thấp, chưa đáp ứng mong đợi và những đòi hỏi của nhân dân. Hoạt động giám sát của Mặt trận trong thực tế còn hình thức, hiệu quả pháp lý chưa cao, chủ yếu mới thể hiện qua các phát hiện, nêu ý kiến nhẹ nhàng tại các kỳ họp, phiên họp của các cơ quan, tổ chức thuộc đối tượng giám sát, chưa có phương thức giám sát đúng nghĩa, chưa được quan tâm thực hiện thường xuyên, liên tục. Mặc dù quan điểm của Đảng về phản biện xã hội của MTTQVN đã được các cơ quan có thẩm quyền thể chế hóa, nhưng hoạt động triển khai xây dựng và hoàn thiện pháp luật điều chỉnh hoạt động này chưa được Mặt trận quan tâm một cách thích đáng, chủ trương của Đảng được triển khai nhiều nhưng trên thực tế chưa xây dựng được một cơ chế rõ ràng để điều chỉnh đối với hoạt động phản biện xã hội; nội dung và hình thức pháp luật về phản biện xã hội còn gặp nhiều vướng mắc, chưa phù hợp với thực tiễn, gây khó khăn cho những chủ thể thực hiện phản biện xã hội.

Nguyên nhân của những hạn chế nêu trên là do còn thiếu các quy định pháp luật về giám sát và phản biện xã hội của Mặt trận Tổ quốc. Nhiều nội dung quan trọng trong nhiệm vụ giám sát của Mặt trận chưa được quy định cụ thể như việc phối hợp tham gia các đoàn giám sát của Hội đồng nhân dân các cấp thì trách nhiệm, quyền hạn của Mặt trận đến đâu, nhiều lĩnh vực bức xúc nhân dân có nhiều ý kiến nhưng chưa có cơ chế cụ thể để giám sát, thiếu những quy định cụ thể về trách nhiệm của các cơ quan nhà nước trong việc giải quyết, trả lời những phát hiện, kiến nghị của Mặt trận và trách nhiệm trong việc đáp ứng các điều kiện cần thiết cho hoạt động giám sát của Mặt trận. Chưa có cơ chế rõ ràng và môi trường pháp lý thực sự cho hoạt động phản biện của Mặt trận Tổ quốc, những hoạt động phản biện hiện nay mới ở mức độ “tiền phản biện xã hội” hoặc ở mức độ manh nha, bước đầu. Sự nhận thức của Mặt trận Tổ quốc về hoạt động giám sát và phản biện xã hội chưa đầy đủ và sâu sắc, xem nhẹ quyền giám sát của chính mình, nói nhiều làm ít, hoạt động giám sát đôi khi chỉ gói gọn trong hoạt động của Ủy ban Mặt trận, chưa lôi kéo, phát huy tổng hợp sức mạnh các tổ chức thành viên tham gia, còn né tránh, ngại va chạm với các cơ quan nhà nước.

Để tăng cường vai trò giám sát, phản biện xã hội của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, cần xác định rõ giám sát và phản biện xã hội là quyền của dân, là trách nhiệm của Mặt trận với dân, với Đảng. Đảng là thành viên lãnh đạo của Mặt trận, Đảng cần tạo mọi điều kiện để Mặt trận hoàn thành nhiệm vụ lịch sử, đưa giám sát và phản biện xã hội vào cuộc sống, trở thành một nếp sinh hoạt thường xuyên ở mọi nơi trong cả nước. Chỉ có dân thông qua Mặt trận, thực hiện quyền giám sát và phản biện xã hội mới có thể giúp Đảng và Nhà nước chống tham nhũng, chống đói nghèo, chống tụt hậu có hiệu quả, mới có thể làm trong sạch bộ máy Nhà nước.

Việc sửa đổi Luật Mặt trận Tổ quốc Việt Nam cần quy định rõ ràng, đầy đủ ngay tại Luật một cơ chế để Mặt trận Tổ quốc  thực hiện quyền giám sát và phản biện xã hội đối với hoạt động của Nhà nước. Cơ chế này xác định rõ quyền, trách nhiệm, hình thức cũng như quy trình giám sát và phản biện trong đó đặc biệt nhấn mạnh trách nhiệm, cung cấp thông tin, tiếp thu giải trình của các đối tượng bị giám sát, phản biện. MTTQVN, các tổ chức chính trị - xã hội và nhân dân có cơ chế thực hiện hoạt động giám sát và phản biện xã hội là thực hiện đúng tinh thần mà Nghị quyết Đại hội X đã đề ra về phát huy hơn nữa vai trò của MTTQVN, các tổ chức chính trị - xã hội và nhân dân trong việc tham gia xây dựng Đảng, xây dựng, củng cố chính quyền nhân dân.

Về phạm vi nội dung phản biện, không phải mọi chủ trương, chính sách của Đảng và pháp luật của nhà nước MTTQVN đề phản biện mà chỉ phản biện những chủ trương, chính sách, pháp luật có liên quan đến quyền, nghĩa vụ và lợi ích chính đáng của các tầng lớp nhân dân, đến tổ chức bộ máy và cán bộ chủ chốt trong hệ thống chính trị, những chính sách cụ thể đối với các giai cấp, các tầng lớp xã hội, các dân tộc, các tôn giáo và người Việt Nam ở nước ngoài; quyền và trách nhiệm của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam; kế hoạch, chương trình và những chính sách cụ thể  về kinh tế - xã hội, an ninh, quốc phòng và đối ngoại. Ngoài ra, Luật cần quy định rõ việc tổ chức “thực hiện” phản biện như thế nào và “sản phẩm” đầu ra có tác dụng gì.

Cần có nhận thức thống nhất về sự cần thiết phải phản biện xã hội đối với Nhà nước và của bản thân MTTQVN. Phải thực sự có môi trường dân chủ, tư duy bổ sung và thói quen đối thoại trong một xã hội dân sự lành mạnh. Cần xây dựng nhanh cơ sở pháp lý bảo đảm cho việc thực hiện phản biện xã hội một cách đúng đắn và có hiệu quả.

MTTQVN phải có đủ trình độ, năng lực và điều kiện để thực hiện phản biện xã hội. Những điều kiện về năng lực, trình độ của Mặt trận phải đi đôi với tư tưởng thật sự khách quan, chí công vô tư, hết lòng vì dân, đi liền với bản lĩnh chính trị, lòng trung thành và tâm huyết vì nhân dân của cán bộ Mặt trận. Điều kiện để Mặt trận có thể làm chức năng phản biện xã hội còn bao gồm cả điều kiện về phương tiện vật chất và kinh phí đủ bảo đảm cho việc tiến hành phản biện.

Việc tham gia đóng góp ý kiến của MTTQVN, các đoàn thể nhân dân đối với dự thảo chủ trương, chính sách, pháp luật như là một hoạt động tham gia xây dựng Đảng, xây dựng Nhà nước vẫn còn ở mức độ khiêm tốn. Bởi hiện nay pháp luật mới quy định MTTQVN, các đoàn thể có liên quan để lấy ý kiến, nhưng lại chưa quy định trách nhiệm tiếp thu hoặc không tiếp thu ý kiến đóng góp của Mặt trận Tổ quốc, các đoàn thể nhân dân thì phải giải trình và thông báo lại cho tổ chức đã có ý kiến đóng góp biết. Do đó, việc lấy ý kiến, tiếp thu ý kiến trong việc xây dựng và hoàn thiện các dự thảo văn bản quy phạm pháp luật cần cụ thể, rõ trách nhiệm của cơ quan chủ trì soạn thảo phải có văn bản tiếp thu ý kiến của MTTQVN.